Фамилия Ахуняновы — это русская фамилия восточного происхождения, которая прочно вошла в обиход в результате многовековых контактов славянского и тюрко-персидского миров. В основе фамилии лежит сложное имя Ахуньян, которое, в свою очередь, является вариантом более древнего имени Ахунджан. Это имя составное: первая часть — «ахун» (от персидского «ахунд») означает «наставник», «учитель», «духовное лицо», а вторая — «джан» переводится как «душа». Таким образом, имя Ахунджан (и его форма Ахуньян) буквально означает «душа наставника» или «близкий, как душа, учитель».

Формант «-ов» в фамилии указывает на типичную модель русской фамилии-притяжательности: Ахунянов — это «чей?» — сын Ахуняна, потомок Ахуняна. Безусловно, фамилия Ахунянов — замечательный памятник восточной культуры, но её бытование в русской среде — результат того, что имя собственное, понятное в мусульманском мире, было адаптировано по законам русской грамматики.

Стоит обратить внимание на написание. Вариант Ахунянов (с одной «н») встречается реже, чем более распространённый Ахуньянов (с «ь»). Разница чисто орфографическая: в русском языке мягкость согласного «н» перед «я» можно передать как через мягкий знак (Ахуньян), так и без него, что и дало два варианта одной фамилии. Оба варианта происходят от одного корня, и носители фамилии Ахуняновы, скорее всего, являются родственниками тем, кто пишется как Ахуньяновы.

Окончательно говорить о точном времени и месте происхождения конкретной ветви Ахуняновых можно лишь на основании серьёзных генеалогических изысканий, но ясно одно: предки носителей этой фамилии были людьми, которых в обществе называли уважительно — «наставник» или «учитель», что отражает высокий статус основателя рода.