Фамилия Аккер — редкий для России случай, когда фамилия не переделана на русский лад, а сохранила исходное немецкое написание и звучание. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов, -ин или -ский, Аккер — это чистая основа, без суффикса. Такие фамилии встречаются в основном у потомков иностранцев, переселившихся в Россию, или у жителей западных регионов, находившихся под влиянием немецкой культуры.

Корень фамилии прозрачен: немецкое слово «Acker» переводится как «поле», «пашня». В немецкой ономастике фамилия Аккер (Acker) и её варианты (Аккерманн, Аккерман) относятся к группе «профессионально-топографических» прозвищ. Предок носителя такой фамилии мог быть крестьянином, владельцем поля или просто человеком, жившим у поля. В отличие от фамилий, образованных от ремёсел (кузнец, мельник), Аккер указывает не на специальность, а на род занятий, связанный с земледелием, или на место жительства: «тот, кто живёт у пашни».

В Российской империи фамилия Аккер была распространена среди немецких колонистов, которых Екатерина II приглашала осваивать Поволжье и Новороссию в XVIII–XIX веках. Немцы-земледельцы, селившиеся компактно, часто получали фамилии по роду деятельности. Поэтому Аккер — одна из характерных «аграрных» фамилий российских немцев. Встречается она и у обрусевших немцев, и у балтийских немцев, живших в Прибалтике.

Встречается и более редкая версия: в некоторых диалектах немецкого языка «Acker» могло быть не только полем, но и мерой площади. Тогда фамилия могла закрепиться за человеком, который обрабатывал участок определённого размера, или за сборщиком податей, измерявшим наделы. Но эта гипотеза уступает основной по распространённости.

С точки зрения словообразования, Аккер — фамилия без русификации. Если бы её адаптировали, появился бы вариант Аккеров или Аккерин. Но носители сохранили оригинал, что делает фамилию маркером немецкого происхождения. В современной России она редка, но не исчезла — её можно встретить в местах бывшего компактного проживания немцев: в Омской, Новосибирской областях, в Алтайском крае, а также в Калининградской области.