Фамилия Аккуженова образована по самой распространённой в русском языке модели — от мужской формы на -ов с помощью суффикса -а, указывающего на принадлежность женщине. Мужской вариант — Аккуженов. Это типичная русская фамилия, но её основа явно тюркская, скорее всего казахская или башкирская.

Корень фамилии — сложное имя или прозвище Аккужа. Первая часть «Ак» (белый, чистый, светлый) — частый компонент в тюркской антропонимии, несущий положительную характеристику. Вторая часть «кужа» — диалектный вариант слова «кожа» или «кожа» (господин, хозяин, также духовное лицо, потомок пророка). В казахском языке «қожа» означает «ходжа», то есть человек, ведущий род от арабских проповедников ислама. Таким образом, Аккужа — это «белый ходжа», «светлый господин» или «чистый потомок пророка». Имя могло даваться ребёнку в знак уважения к его происхождению или как пожелание чистоты и знатности.

Встречается фамилия в основном в Казахстане и среди казахов России, а также у башкир. В русских документах XIX — начала XX века такие фамилии фиксировались у оседлого тюркского населения, которое записывало фамилии по отчеству. Предок носителя фамилии, скорее всего, был уважаемым человеком в своей общине — либо потомком духовных лиц, либо просто зажиточным и честным хозяином, которого прозвали Аккужа.

Интересная деталь: фамилия сохранила архаичную форму с двумя «к» подряд — Аккуженов, а не Акуженов. Это указывает на то, что в основе лежало именно имя Аккужа, где «ак» и «кужа» слились в одно слово без потери звука. Встречаются и варианты написания с одной буквой «к», но исходная форма — с удвоением, и она точнее передаёт тюркское звучание.