Фамилия Аккужин — один из тех случаев, когда фамилия прямо указывает на имя предка, причём имя это — не простое, а составное, с глубокой символикой. В основе лежит башкирское мужское имя Аккужа (или Акккужа), которое образовано от двух тюркских корней: «ак» — «белый» и «куж» — «глаз» или «стручок гороха».

Самая прямая версия происхождения — прозвищная: имя Аккужа могли дать светлоглазому ребёнку. «Ак» здесь выступает в значении «белый, светлый», а «куж» как «глаз». Однако у этого имени есть и второй, обрядовый слой. Дело в том, что оба компонента по отдельности были популярны в тюркской антропонимии как самостоятельные имена-пожелания.

Белый цвет у тюркских народов — один из главных символов. Он означает чистоту, верность, справедливость, свет и добрые намерения. Имя с корнем «ак» давали, желая ребёнку этих качеств. В то же время корень «куж» встречается в имени Кужак. Такое имя было обрядовым: его давали мальчику с пожеланием, чтобы в будущем у него было так же много детей, как горошин в стручке. Таким образом, имя Аккужа могло объединять оба пожелания: и светлой души, и многочисленного потомства.

Словообразовательная модель фамилии проста и типична для русского языка: к основе Аккуж- добавлен типичный русский суффикс принадлежности -ин. Фамилии на -ин в России чаще всего образовывались от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Так что Аккужин буквально означает «сын Аккужи» или «принадлежащий Аккуже».

Фамилия Аккужин — башкирская по происхождению, но её форма — русская, что типично для фамилий народов Поволжья и Урала, вошедших в состав Российской империи. Она закрепилась в письменных документах в XIX веке, когда у башкир начали массово фиксировать фамилии по русскому образцу.