Фамилия Акужин — один из тех случаев, где в основе лежит не каноническое имя, а прозвище, которое могло описывать и внешность, и занятие, и даже духовное качество. Словообразовательная модель здесь нестандартна: к тюркской основе прирастили типичный русский патронимический суффикс «-ин», что означает «сын Акужи». Это сразу говорит о том, что предки носителя фамилии жили в зоне активного культурного обмена — скорее всего, в Поволжье или Приуралье, среди татар, башкир или казахов, чьи фамилии позже оформлялись по русской модели.

Самая прозрачная версия ведёт к казахскому и башкирскому «аку» — «лебедь». Суффикс «-жин» указывает на человека, связанного с этой птицей: охотника на лебедей, пастуха или того, кто получил прозвище за белую кожу и грациозность. В этом случае Акужин — «лебединый человек», что вписывается в тюркскую традицию прозвищ по тотему или птице. Однако есть и более широкая трактовка: корень «акы» или «аку» в разных тюркских языках означал «белый», «чистый» или «благородный». Вторая часть — «жин» — могла быть искажённым «джан» (душа) или «жын» (человек). Тогда прозвище «Акужа» переводится как «белая душа» или «чистый человек» — характеристика не столько внешняя, сколько социальная, указывающая на безупречную репутацию.

Обе версии не противоречат друг другу, но первая — с лебедем — выглядит конкретнее и правдоподобнее, поскольку опирается на реальные промыслы и тотемные названия, обычные для кочевых и полукочевых народов. Фамилия не имеет аристократического звучания: она указывает на простое, но уважаемое происхождение — охотника, пастуха или человека с безупречной репутацией.

Встречаются варианты написания: Акужин, Акужын, Акужан. Разница в последней букве может быть следствием региональных диалектов или ошибок при записи в метриках. Точных исторических дат появления фамилии нет, но логично предположить, что она оформилась не позднее XVIII–XIX веков, когда на Урале и в Поволжье массово закреплялись фамилии за крестьянами, казаками и крещёными инородцами. Фамилия редкая и сегодня встречается в основном в тех же регионах, где тюркские корни смешались с русским населением.