Фамилия Анужин — редкий пример, где форма застыла, а исходное прозвище почти стёрлось. В основе лежит либо имя, либо прозвище Анужа. Скорее всего, это разговорный вариант крестильного имени Иоанн (от древнееврейского «Бог милует»): в русских говорах имя Иван дало множество производных — Ваня, Ванюта, Ванюха, а также более редкие Ан, Аня, Анушка. От Ануши или Анужи (с заменой «ш» на «ж» по звонкости) и возникла фамилия с типичным русским суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: «чей сын?» — Анужин, то есть сын Анужи.

Менее вероятна, но возможна связь со словом «анужа» — так в некоторых северных и сибирских говорах называли неловкого, неуклюжего человека. Однако у этого слова нет широкой фиксации в словарях, поэтому версия с производным от Ивана выглядит надёжнее. В любом случае, фамилия образована от прозвища или имени, а не от географического названия.

Фамилия редкая, её география невелика. Встречается в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Архангельской, Костромской. В дореволюционных переписях носители Анужины числились чаще среди крестьян и мещан, что типично для фамилий, образованных от уменьшительных форм имени. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Если сравнивать с однокоренными — Анушин, Анухин, Анурьев, — то Анужин отличается именно суффиксальным вариантом. Форма на -ужа вместо -уша или -уха говорит о том, что прозвище бытовало в говоре, где происходило озвончение шипящих: «ш» переходило в «ж». Такая черта характерна для северных и части среднерусских говоров, что косвенно подтверждает региональную привязку фамилии.

Таким образом, Анужин — это фамилия, которая начинается с имени Иван, но прошла через местную диалектную обработку, закрепив звуковой облик, необычный для литературного языка.