Фамилия Анушины — один из тех случаев, когда за простым, на первый взгляд, звучанием скрывается неожиданное смешение языков и традиций. Её основа — имя Ануша, и здесь исследователей ждёт первая загадка: под этим именем скрываются как минимум два разных источника.

Самая вероятная версия ведёт к церковному имени Онуфрий. В народном произношении оно часто упрощалось: сложное «Онуфрий» превращалось в более лёгкое «Анурий», а затем и в краткую форму Ануша. Греческое происхождение имени Онуфрий необычно: оно переводится как «имеющий осла» или «относящийся к египетскому священному быку». Для средневекового человека, далёкого от египетских культов, это звучало экзотично, но связь с почитаемым святым — Онуфрием Великим — делала имя привычным для крестьянской среды. Онуфрий Великий, раннехристианский подвижник, по преданию, был сыном персидского царя, в младенчестве отданным в монастырь, а позже ушедшим в Фиваидскую пустыню в Египте. Его пример аскетической жизни был хорошо известен на Руси, и имя в разных формах встречалось в святцах.

Есть и вторая версия, менее распространённая, но не лишённая оснований. Ануша могла быть просторечной краткой формой от имени Антоний. В этом случае значение корня меняется: греческое «anteo» означает «вступать в бой, состязаться». Антоний — имя воинов и монахов одновременно, и его сокращение до Ануши — обычная для русской ономастики практика, когда длинное имя «обрубали» до двух-трёх слогов для удобства в быту.

Суффикс -ин в фамилии Анушин указывает на принадлежность: «чей?» — Анушин, то есть сын, потомок Ануши. Такая модель типична для центральных и северных русских земель. О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс её закрепления шёл веками, и разные ветви рода могли появиться независимо в разных губерниях. Однако сама фамилия — живой след того, как церковные имена переплавлялись в повседневной речи, теряя одни значения и приобретая другие.