Фамилия Акшенова — женская форма от Акшенов, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Перед нами типичная русская модель на -ов/-ев, указывающая на принадлежность: «чей?» — «Акшенов», то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Акшен. Суффикс -ов здесь стандартный для русских фамилий, образованных от основ на твердый согласный, и именно он даёт ключ к социальному контексту: такие фамилии массово закреплялись за нерусским населением после вхождения в состав Московского государства, когда требовалось вписать инородцев в русскую фискальную и административную систему.

Самая вероятная основа — тюркское личное имя Акшен, которое раскладывается на две части: «ак» (белый, чистый, благородный) и «шен» (радость, веселье, праздник). В тюркских языках, особенно татарском и башкирском, составные имена с «ак» в первой части — целый пласт ономастики: Акчура, Акбулат, Акмурза. Акшен, таким образом, могло означать «белая радость» или «чистое веселье» — имя-пожелание, чтобы жизнь ребёнка была светлой и счастливой. Эта версия поддерживается не только лингвистической логикой, но и географией: фамилия Акшенова тяготеет к Татарстану, Башкортостану и Оренбургской области, где тюркские имена с компонентом «ак» особенно характерны.

Менее вероятно, хотя и возможно, что основа связана с русским диалектным словом «акшень» или «акшеня» — так в некоторых говорах называли упрямого, своенравного человека. Эта гипотеза слабее: слово редкое, не зафиксировано в авторитетных диалектных словарях как широко распространённое, а тюркская версия объясняет фамилию естественнее и встречается в ономастических справочниках как основная для фамилий на Акш-. Если сравнить с однокоренными фамилиями — Акчурин, Акмурзин, Акбулатов, — то Акшенов стоит в том же ряду, но вторая часть «шен» встречается реже, что делает фамилию более редкой и узнаваемой.

Предки носителей фамилии, скорее всего, были выходцами из тюркской среды — татарами или башкирами, принявшими православие либо сохранившими мусульманскую веру, но в любом случае получившими фамилию по русской модели на -ов. В документах XVIII–XIX веков такие фамилии нередко фиксировались у служилых татар, ясачных крестьян и торговых людей — сословий, которые первыми среди нерусского населения обзаводились устойчивыми родовыми именованиями.