Фамилия Аксюткина образована от уменьшительно-ласкательной формы крестильного мужского имени Авксентий — Аксютка. Само имя Авксентий происходит от древнегреческого слова «ауксанō», что означает «растущий» или «увеличивающийся». В православных святцах это имя связано с несколькими раннехристианскими святыми, но в народном быту полная форма была громоздкой, поэтому в повседневном общении использовали короткие варианты — Аксютка, Аксён, Аксеня.

Фамилия построена по продуктивной русской модели с суффиксом -ин, который присоединялся к основам на -а/-я. Если разобрать словообразовательную цепочку: Авксентий → Аксютка → сын Аксютки → Аксюткин. Окончание -а в современном написании указывает на женскую форму фамилии, но исторически фамилия закрепилась за родом именно в мужском варианте Аксюткин. Такие фамилии типичны для северных и центральных областей России, где суффикс -ин был распространён шире, чем на юге.

С точки зрения социального контекста, фамилии на -ин в основном носили крестьяне и мещане, реже — духовенство. Потомок человека по имени Аксютка мог быть крестьянином или посадским человеком, поскольку простые люди чаще пользовались уменьшительными формами имён в быту, и именно они ложились в основу фамилий. В документах XVII–XVIII веков можно встретить упоминания крестьян с именем Аксютка, например, в переписных книгах Новгородской и Вологодской губерний.

Стоит отметить, что фамилия Аксюткина не имеет отношения к географическим названиям или прозвищам по роду занятий — её корень чисто антропонимический. Близкие по звучанию фамилии Аксёнов, Аксенов, Аксютенко происходят от той же основы, но с разными суффиксами, что говорит о региональных особенностях словообразования. Например, фамилия Аксёнов более распространена, а Аксюткина встречается реже, что делает её интересным маркером локальной традиции именования.