Фамилия Акымова — женская форма фамилии Акымов. В её основе, скорее всего, лежит тюркское мужское имя Акым, а не славянское прозвище. Имя Акым — вариант имени Аким, которое восходит к библейскому Иоаким (в переводе с древнееврейского — «поставленный Богом»). Но в русской среде имя Аким было распространено, а форма Акым встречается реже. Вероятнее всего, фамилия возникла в среде крещёных татар, башкир или других тюркских народов Поволжья и Приуралья, где имя Акым бытовало как самостоятельное или как диалектный вариант канонического Акима.

Суффикс -ов указывает на образование от имени отца: Акымов — сын Акыма. Такая модель типична для русских фамилий, но в тюркских регионах её заимствовали вместе с русской административной системой в XIX веке. Поэтому географически фамилия Акымова чаще встречается в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях, а не в центральной России.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь со словом «акым» в некоторых тюркских языках, означающим «поток», «течение». В этом случае прозвище Акым мог получить человек подвижный, быстрый или, наоборот, живущий у реки. Но имя собственное как основа — более надёжное объяснение, так как фамилии от прозвищ с таким корнем почти не фиксируются в старых документах.

Ударение в фамилии обычно падает на второй слог: Акы́мова, что тоже отличает её от фамилии Аки́мова, где ударение на первом слоге. На письме эта особенность иногда приводила к путанице: в метрических книгах могли записать Акымов или Акимов в зависимости от грамотности писаря. Таким образом, фамилия Акымова — не просто вариант распространённой Акимовой, а самостоятельное образование с собственной региональной и этнической привязкой.