Фамилия Алагардова — редкий пример русской фамилии, в основе которой лежит тюркский географический объект. Её исходная форма — Алагардов, а женский вариант Алагардова — это родительный падеж («дочь/жена Алагардова»). В основе фамилии лежит прозвище Алагарды, которое, скорее всего, указывало на место жительства человека: хребет Алагарды в Казахстане (современная Карагандинская область). Такие «топонимические» прозвища давали переселенцам или тем, кто долго жил в определённой местности, чтобы отличать их от одноимённых соседей.

Разбираем составные части названия. Первая часть — «ала» — распространённый тюркский корень со значением «пёстрый», «пегий», «полосатый». Вторая часть сложнее. Есть версия, что «гард» восходит к карачаевскому «кард» — «нож», тогда Алагарды можно перевести как «пёстрый нож» (возможно, прозвище мастера). Однако более правдоподобно, что «гарды» — это искажённое тюркское «кырды» («гора», «хребет»), и тогда топоним означает «пёстрая гора» — характерный признак ландшафта с разноцветными породами или растительностью.

Существует и альтернативная версия, отталкивающаяся от киргизского слова «алагар» — «большеглазый, ясноглазый». В этом случае прозвище Алагарды описывало внешность человека, а фамилия Алагардова напрямую указывала на отличительную черту основателя рода. Эта гипотеза слабее, потому что в тюркских языках «алагар» не даёт типичной модели для прозвища с окончанием «-ды»; обычно такие прилагательные не превращаются в личные имена без дополнительных аффиксов.

Фамилия Алагардова — явно не массовая, а штучная. Она могла возникнуть в среде казаков или служилых людей, соприкасавшихся с тюркским населением на южных границах Российской империи. По модели образования (суффикс -ов/-ев, присоединённый к тюркскому прозвищу) она стоит в одном ряду с фамилиями вроде Алтынбаев, Бекмурзов, но при этом сохраняет уникальный корень, не встречающийся больше ни в одной распространённой русской фамилии.