Фамилия Алаханов редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Главная версия — тюркская, и она самая убедительная. Основу «Алахан» разбирают на две части: «ала» (в тюркских языках — пёстрый, рябой, пятнистый) и «хан» (титул правителя или почётное обращение). Получается «пёстрый хан» — не буквально, а как прозвище человека с приметной внешностью: веснушками, сединой или родимым пятном. Составные имена с титулом «хан» — обычное дело у кумыков, ногайцев, чеченцев: Алихан, Солтанхан, Асланхан. Суффикс «-ов» в конце — типичная русская патронимическая приставка, которой в XIX веке при переписях оформляли фамилии горских народов.

Вторая версия — арабская. «Ала» может быть редуцированным произношением «Аллах» (Бог). Тогда «Алахан» — это стяжение от «Абдуллах» (раб Аллаха) или «Ала-хан» (хан от Бога). Эта гипотеза слабее: в классической арабской ономастике форма «Алахан» не встречается, а тюркская модель с бытовым прилагательным и титулом куда привычнее для степных и горских культур.

География фамилии указывает на Чечню, Ингушетию и Дагестан (кумыки). В Чечне есть село Алахан-Кала — прямое свидетельство древности имени в регионе. Предки Алахановых, скорее всего, не были ханами в прямом смысле. Прозвище «пёстрый хан» мог получить уважаемый старейшина или воин — за внешнюю приметность или за связь с местным правителем.

Словообразовательно фамилия проста: корень «алахан» и суффикс принадлежности «-ов». В дореволюционных записях встречается написание через «ъ» — Алахановъ. Родственных фамилий по корню «ала» много: Алаев, Алашев, Алакаев — все они уходят в тюркское «пёстрый», а различаются вторым компонентом или суффиксом.