Фамилия Алахунов образована от прозвища Алахун. Вероятно, в его основе лежит название горы Алахун-даг, находящейся в Дагестане на границе Самурского и Казикумухского округов. Таким образом, фамилия Алахунов содержит указание на место жительства основателя рода: на горе Алахун-даг. Таким образом, потомок человека, которого звали Алахун, со временем получил фамилию Алахунов.