Фамилия Алахуновы, как и большинство русских фамилий на -ов, образована от личного имени или прозвища предка. В данном случае основой послужило прозвище Алахун. Самое правдоподобное объяснение его происхождения — топонимическое. В основе лежит название горы Алахун-даг, которая находится в Дагестане, на границе исторических Самурского и Казикумухского округов. У народов Кавказа было распространено давать человеку прозвище по месту его рождения или жительства. Соответственно, Алахуном могли называть выходца с этой горы или её окрестностей.

Словообразовательная модель проста: к основе Алахун добавился типичный русский патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — Алахунов сын). Со временем это отчество закрепилось как наследственная фамилия. Таким образом, Алахуновы — это потомки того самого человека, которого прозвали Алахуном.

Обращает на себя внимание формант -хун в основе. В тюркских и кавказских языках этот элемент нередко встречается в топонимах и личных именах, но его точное значение в данном случае требует отдельного лингвистического анализа. Возможно, что сама гора Алахун-даг получила название от более древнего местного слова, а не наоборот. В любом случае, фамилия Алахуновы — это яркий пример того, как географический объект становится именем рода, и представляет собой интересный памятник кавказской ономастики, зафиксированный в русской фамильной форме.