Фамилия Алахунова образована от мужского имени Алахун, которое в свою очередь восходит к тюркско-мусульманской традиции. Основа имени — «Ала» (тюрк. «пёстрый», «рябой» или «высокий», «великий») и «хун» (от перс. «хан» — правитель). В буквальном смысле Алахун можно перевести как «великий хан» или «пёстрый хан», но в быту прозвище скорее указывало на внешность (рябой человек) или статус, а не на реальное правление. Имена с компонентом «хан» были популярны у тюркских народов как пожелание силы и знатности.

Суффикс -ов(а) — классический русский патронимический суффикс, который в женском варианте фамилии указывает на принадлежность по отцу: Алахунова означает «дочь Алахуна». Такая модель закрепилась в XIX–XX веках, когда мусульманские имена адаптировались под русскую грамматику. Фамилия распространена преимущественно среди народов Дагестана (особенно лезгинской и аварской групп), а также у татар и башкир, где формы на -ов типичны.

Интересная деталь: в тюркских языках имя Алахун могло иметь варианты написания с разными гласными — Алахун, Алахан, Аллахун. В русской записи закрепился именно вариант с «о» в суффиксе, что отличает её от похожей фамилии Алахин, где корень, скорее всего, от тюркского «ала» (пёстрый) без «ханского» компонента. Таким образом, Алахунова — не случайное созвучие, а прямая отсылка к имени предка, который, вероятно, был заметен либо внешностью, либо положением в общине.

Встречается также вариант Алахунов (мужская форма), но женская Алахунова, как и все фамилии на -ова, указывает на родство по женской линии в документах. Сословная принадлежность носителей, как правило, не фиксируется — фамилия не была дворянской, а возникала у крестьян и горожан, принявших русскую паспортную систему в XIX веке.