Фамилия Аляхунов сразу выдает свою основу — личное имя Аляхун. Это составное имя, где арабское Али («высокий, возвышенный») соединилось с тюркским компонентом -хун. В казахском, киргизском и башкирском языках этот суффикс придавал имени ласкательный или уменьшительный оттенок. Так что Аляхун — это «маленький Али» или «дорогой Али», типичная для дореволюционной мусульманской ономастики форма.

Русский патронимический суффикс -ов добавили к основе в XIX–XX веках, когда фамилии народов Поволжья, Урала и Средней Азии массово русифицировали. Аляхунов буквально значит «сын Аляхуна» или «из рода Аляхуна». Похожие фамилии — Аляев, Алиев, Аляутдинов — тоже отталкиваются от имени Али, но именно Аляхунов выделяется редким тюркским суффиксом, который почти не встречается в других фамилиях.

Чаще всего Аляхуновых можно встретить у татар и башкир, реже — у казахов. В метрических книгах Оренбургской и Уфимской губерний до революции попадаются записи об Аляхуновых среди торговцев и ремесленников. В отличие от фамилий на -ин, которые у татар нередко образовывались от женских имен, Аляхунов — однозначно мужская фамилия, от мужского имени. Альтернативные версии, связывающие её с арабским корнем «хун» (кровь) или тюркским «ал» (возьми), лингвисты не поддерживают: это народное переосмысление, а не реальная этимология.

В советское время фамилия не потеряла этнической окраски, но стала реже из-за унификации записей в ЗАГСах. Сегодня носители живут в Татарстане, Башкортостане и Челябинской области, а также в татарской диаспоре Москвы. Фамилия не распространена, и это плюс для генеалогического поиска: встретив Аляхунова, вы с большой вероятностью можете сузить поиск предков до конкретной волости или аула.