Фамилия Афляхуновы — редкий пример фамилии, образованной от арабского имени через татарскую или башкирскую традицию. Её основа — мужское личное имя Афляхун, которое восходит к арабскому «афлях» — «преуспевающий», «удачливый», «достигший успеха». В исламской ономастике это имя связано с пожеланием благополучия и процветания. Суффикс -ов указывает на русскую модель фамилии, которая закрепилась у татар, башкир и других народов Поволжья в XIX–XX веках при оформлении фамилий по русскому образцу.

Особенность фамилии — её суффиксальная часть. Форма Афляхуновы (с окончанием -ы) — это множественное число, которое в русском языке обозначает род или семью как целое. В официальных документах чаще встречается вариант Афляхунов, но в быту и в записях переписей фамилия могла фиксироваться в форме Афляхуновы, подчёркивая принадлежность к роду. Это характерно для татарских и башкирских фамилий, особенно в сельской местности, где фамилию воспринимали как родовое прозвание.

Географически фамилия привязана в первую очередь к Татарстану и Башкортостану, а также к соседним регионам — Оренбургской, Челябинской, Самарской областям. Встречается она нечасто, и это одно из указаний на то, что предки носителей могли быть из относительно небольшой родовой группы. По сословной принадлежности Афляхуновы, скорее всего, были государственными или ясачными крестьянами, реже — представителями духовенства (муллами). Имя Афляхун давали не только простым людям, но и религиозным деятелям, поэтому нельзя исключать, что основатель рода был человеком грамотным, знающим арабский язык.

Словообразовательная модель проста: личное имя Афляхун + патронимический суффикс -ов. Ударение в фамилии, по аналогии с большинством татарских фамилий на -ов, падает на последний слог — Афляхуно́вы, хотя в самой основе ударение на втором слоге: Афля́хун. В разговорной речи встречается и вариант с ударением на первый слог, но это уже местная диалектная особенность.

Однокоренные фамилии — Афлятуновы (от другой формы того же корня), Афляховы. Все они редки, и их носители, скорее всего, связаны общим происхождением из волго-уральского региона.