Фамилия Афлятуновы происходит от мусульманского имени Афлятун — арабской переработки греческого имени Платон («широкоплечий»). Родители, называя так сына, желали ему вырасти мудрым и просвещённым, как античный философ. Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов, который в данном случае указывает на принадлежность к роду человека по имени Афлятун: буквально «чьи?» — Афлятуновы.

Своими корнями фамилия уходит в XV–XVII века, когда тюркские имена активно проникали в русскую среду через выходцев из Золотой Орды, печенегов или половцев. Носители фамилии — потомки тех, кто переходил на русскую службу, принимал православие и вливался в состав дворянства или служилого сословия. Именно этот исторический контекст объясняет, почему восточное по происхождению имя закрепилось в виде русской фамилии с типичным славянским суффиксом.

Встречается написание Афлятунов, хотя в бытовой речи возможны варианты с ударением на второй или третий слог. Фамилия редкая, её география сосредоточена в регионах Поволжья и Урала, где исторически сильны тюркские и татарские корни. В отличие от более частых фамилий на -ов от славянских имён, Афлятуновы сохраняют прямую связь с мусульманским именем, что делает этот антропоним заметным памятником восточной письменности и культуры в русском ономастиконе.