Фамилия Афлятунова образована от мужского имени Афлятун, которое представляет собой арабскую адаптацию греческого имени Платон. В арабской фонетике отсутствует звук «п», поэтому он перешёл в «ф», а огласовка изменилась под влиянием местных диалектов. Таким образом, Афлятун — это тот же Платон, пришедший в тюрко-мусульманскую среду через арабский язык. Само греческое имя Платон, как считается, связано со словом «платюс» и означает «широкоплечий» или, по другой версии, «широкий в затылке».

Модель типична для фамилий на -ов/-ев, которые образуются от имён, прозвищ или профессий отца. Суффикс -ун в основе Афлятун характерен для тюркских языков и может указывать на ласкательную или уменьшительную форму имени. Получается, что Афлятун — это не полное арабское имя, а скорее его обиходный, «домашний» вариант, который и закрепился в качестве родового прозвания.

Фамилия встречается преимущественно у татар и башкир, что логично: именно в этих регионах ислам и тюркские языки создали благоприятную среду для усвоения арабизированных античных имён. Встречаются варианты написания через «и» — Афлятинов, что может указывать на разную диалектную передачу звука.

Поскольку имя Афлятун не было широко распространено, фамилия остаётся относительно редкой. Её носители, скорее всего, происходят из крестьянской или торговой среды Поволжья и Приуралья, где подобные имена бытовали вплоть до XIX века. Точное место и время возникновения конкретной ветви рода потребовали бы отдельных генеалогических изысканий, но сама модель образования — от арабизированного греческого имени через тюркское посредничество — говорит о многовековых культурных связях, в которых переплелись античная философия, исламская традиция и степные языки.