Фамилия Афлатунов — редкий случай, когда русская фамилия образована напрямую от арабского имени, но с русским суффиксом. В основе лежит имя Афлатун — арабизированная форма имени древнегреческого философа Платона. В мусульманском мире, особенно у народов Средней Азии и Кавказа, это имя было распространено как книжное, восходящее к высокой культуре античности. Носитель такого имени воспринимался как человек учёный или мудрый.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий по отчеству: Афлатунов буквально означает «сын Афлатуна» или «потомок Афлатуна». Это говорит о том, что фамилия сложилась в среде, где русская административная система фиксировала имена по отцу, но само имя было заимствовано из тюркской или кавказской языковой среды. Вероятнее всего, предок носителя фамилии был мусульманином, принявшим русское подданство, или жил в регионе активных русско-тюркских контактов.

Географически фамилия Афлатунов тяготеет к регионам с сильным тюркским или кавказским влиянием: Татарстан, Башкортостан, Азербайджан, Дагестан. Встречается она нечасто, что делает её своеобразным маркером — носитель почти наверняка имеет корни в одной из этих культур. Попытки вывести фамилию от тюркского корня «афлат» (нечто широкое, плоское) маловероятны: имя Афлатун в исламской традиции устойчиво и зафиксировано в ономастиконах.

Таким образом, Афлатунов — это фамилия-интеллектуал: она несёт отсылку к античной философии, переработанной восточной традицией, и оформлена по русскому образцу. Редкое сочетание книжного имени и бытового суффикса.