Фамилия Афлатунова звучит необычно для русского уха, но её происхождение прозрачно и уводит нас на Восток. В основе фамилии лежит личное имя Афлатун — это арабизированная форма имени древнегреческого философа Платона. В мусульманском мире, особенно среди татар и башкир, имя Афлатун (варианты — Эфлатун, Афлотун) было известно благодаря средневековой арабской и персидской литературе, где Платон почитался как великий мудрец. Таким образом, Афлатунова в буквальном смысле означает «принадлежащий потомку Афлатуна».

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов(-а), который в Поволжье и Приуралье активно присоединяли к тюркским и арабским основам при оформлении фамилий в XIX веке. Это типичная «вторичная» фамилия: сначала существовало прозвище или некалендарное имя Афлатун, которое давали ребёнку в надежде на мудрость, а затем, при переписях, от него образовали фамилию для всей семьи. Модель «Афлатун + ов» — самая распространённая для тюркоязычных фамилий в России, в отличие от, скажем, притяжательной формы на -ин (Афлатунин), которая встречается гораздо реже.

Географически фамилия Афлатунова почти наверняка указывает на татарское или башкирское происхождение. Наибольшая концентрация носителей — в Татарстане, Башкортостане, а также среди татарских диаспор в Оренбургской и Челябинской областях. В дореволюционных метрических книгах фамилия встречается в сёлах Казанской и Уфимской губерний, что подтверждает её локальный, а не столичный характер. Сословно предки Афлатуновых чаще всего были государственными крестьянами или тептярями (сословие, близкое к башкирам), реже — купцами или муллами.

Стоит отметить, что в русском языке имя Афлатун иногда путали с похожим по звучанию греческим «Афлатон» (не имеющим отношения к философии), но ономастический анализ однозначно связывает основу именно с Платоном. Единственная альтернативная версия — связь с арабским словом «афлат» (изобилие), но она слабая, так как имени Афлат в тюркском именослове нет, а вот имя Афлатун задокументировано.