Фамилия Афлатонова — редкая и неочевидная с точки зрения русского уха. Её основа не связана со славянскими корнями, а суффикс -ов указывает на стандартную модель образования русских фамилий, но от иноязычного прозвища или имени.

Самая вероятная версия — происхождение от арабского имени Афлатун (или Афлатон), которое является вариантом имени Платон, заимствованным через тюркское или персидское посредничество. В исламской традиции Афлатун — это имя древнегреческого философа Платона, которого мусульманские учёные знали и почитали как мудреца. У народов, принявших ислам (татары, башкиры, народы Кавказа и Средней Азии), имя Афлатун бытовало как самостоятельное, хотя и редкое. От него через отчество (чей сын? — Афлатонов) и возникла фамилия.

Менее убедительная, но встречающаяся в любительских изысканиях версия связывает фамилию с греческим словом «афлатон» — «беззаботный». Однако это натяжка: в греческом такого бытового прозвища не зафиксировано, и маловероятно, что русские крестьяне или мещане заимствовали бы слово напрямую из древнегреческого, минуя имя собственное.

С точки зрения географии, фамилия Афлатонова характерна для регионов с татарским или кавказским населением, а также для потомков мусульманских народов, переселившихся в центральную Россию. Её носительницей могла быть женщина, чей предок по отцу носил имя Афлатун — возможно, мулла, купец или ремесленник из татарской слободы. Фамилия недворянская, скорее всего, поздняя (XIX — начало XX века), когда крестьянам и городским обывателям массово давали фамилии по имени отца. Сегодня она встречается единично, что делает её интересным маркером семейной истории, уходящей в тюркский или исламский мир.