Фамилия Афлятонов — редкий случай в русском ономастиконе, где тюркское имя встретилось с русским патронимическим суффиксом. Основа здесь — мужское имя Афлятон (варианты: Афлатун, Афлятун), которое восходит к арабскому «Афлатун» — арабизированной форме имени древнегреческого философа Платона. В мусульманских культурах, особенно у татар и башкир, это имя давали в честь учёности и мудрости, под влиянием восточной традиции, где Платон (Афлатун) почитался как великий мыслитель.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую модель образования фамилий от отчества: Афлятонов буквально значит «сын Афлятона». Такая адаптация характерна для татарских и башкирских родов, которые после присоединения Поволжья к Русскому государству постепенно переходили на русские фамилии. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века фамилия встречается преимущественно в Оренбургской, Уфимской и Казанской губерниях — в зоне смешанного тюрко-славянского населения.

Интересная деталь: в отличие от более частых «Платоновых», которые пошли от греческого имени через церковный календарь, Афлятоновы сохранили восточный путь заимствования. То есть это не просто перевод, а самостоятельная линия: предки носителя фамилии были, скорее всего, мусульманами, принявшими православие или жившими в русскоязычной среде, но имя давали по другой традиции. Сословно Афлятоновы чаще всего оказывались среди государственных крестьян или мещан, реже — среди служилых татар.

Фамилия остаётся малочисленной: по данным современных телефонных справочников, основные кланы сосредоточены в Башкортостане и Татарстане, с небольшими ответвлениями в Челябинской области. Вариантов написания почти нет, хотя в дореволюционных документах можно встретить Афлатонов — с одной буквой «ф» и без «я», что ближе к арабскому оригиналу.