Фамилия Афлитоновы — редкий пример того, как античное греческое имя попало в русский обиход через тюркское посредничество. В основе фамилии лежит мусульманское имя Афлитун (встречаются варианты Афлятун, Афлатун) — арабская переработка имени Платон. Древнегреческое прозвище философа Аристокла, означавшее «широкоплечий» или «широколобый» (от слова «платюс»), на Востоке не забыли: сочинения Платона ценили в исламском мире, и имя Афлятун надолго прижилось у арабов, а затем у тюркских народов, особенно у татар.

В русскую среду фамилия попала, скорее всего, в XV–XVII веках, когда выходцы из Золотой Орды, печенежских или половецких родов поступали на службу к московским князьям. Многие нерусские дворяне того времени сохраняли в фамилиях память о родовом имени предка-мусульманина. Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования от отчества: Афлитонов буквально значит «сын Афлитона». То есть родоначальник носителей фамилии звался Афлитун (или Афлитон), и это имя закрепилось за его потомками в качестве фамильного.

Сведения о восточном происхождении Афлитоновых обычно подтверждаются самим именем-основой: оно нехарактерно для славянской именной традиции и прямо отсылает к тюрко-татарской среде. Сегодня фамилия встречается нечасто, но у татар её можно найти и сейчас — как живое напоминание о том, что имя античного философа перешагнуло границы культур и времён.