Фамилия Афлитнова ставит в тупик даже опытного ономаста. Её основа настолько редка, что не поддаётся автоматическому разбору: здесь нет ни привычного крестильного имени, ни очевидного ремесла. Ключ к пониманию — в суффиксе -ов и конечном -а в исходной форме. Фамилия образована по стандартной русской патронимической модели: «чей?» — Афлитнов, то есть сын Афлита. Женская форма Афлитнова — это жена или дочь Афлитнова.

Самая вероятная версия происхождения основы — искажённое греческое имя Афлит (Αφλιτ). В греческой ономастике это имя встречается крайне редко, но его можно связать со словом «афлитон» (ἄφλιτον) — «ячменная мука» или «ячменная каша». В таком случае прозвище могло закрепиться за человеком, который занимался помолом зерна или торговлей мукой. Греческое влияние на русские фамилии обычно связано с духовенством (греческие имена давали при постриге) или с переселенцами из южных регионов, в том числе из греческих поселений Приазовья и Крыма.

Менее убедительна версия о тюркском корне. В тюркских языках есть слово «афлит» (вариант «авлит»), которое может означать «странник» или «отшельник», но документальных подтверждений бытования такого прозвища в русской среде нет. Если бы фамилия была тюркской по происхождению, она, скорее всего, сохранила бы характерный тюркский суффикс (например, -ов/-ев присоединился бы к основе Афлитбай, Афлиткул), чего не произошло.

Географически фамилия Афлитнова тяготеет к югу России: её фиксируют в Ростовской области, Краснодарском крае и Ставрополье. Это косвенно подтверждает связь с греческими поселениями Причерноморья, где подобные «говорящие» прозвища могли закрепиться в качестве фамилий. Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами — редкое греческое имя вряд ли получил бы дворянин, а духовенство обычно меняло фамилии на более «благозвучные» (греческие по форме, но не по смыслу).

В написании фамилии есть особенность: ударение падает на второй слог — АфлИтнова. Это отличает её от возможных ошибочных вариантов вроде АфлитнОва (с ударением на суффикс), которые могли возникнуть при записи на слух. Родственных фамилий в русском языке практически нет, что делает Афлитнову уникальным ономастическим артефактом — скорее всего, она принадлежит одному или нескольким неродственным родам, разошедшимся из одного южного региона.