Фамилия Афлиева — один из тех случаев, когда на первый взгляд кажется, что корни очевидны, но при ближайшем рассмотрении всё оказывается сложнее. Если отбросить вариант случайного или намеренного искажения при записи, то наиболее вероятная основа — тюркское мужское имя Афли (варианты: Афлий, Афля). В ряде тюркских языков оно восходит к арабскому «афлий» — «высокий», «возвышенный», что в ономастике часто переходило в пожелательное имя для ребёнка.

Модель образования проста: к основе «Афли» добавили русский патронимический суффикс -ев, который в женском варианте фамилии даёт окончание -а. Мужская форма — Афлиев. Такая фамилия могла возникнуть у народов Поволжья или Северного Кавказа, где были распространены контакты с русским делопроизводством и оформление фамилий по русскому образцу. В частности, фамилия встречается у осетин, кумыков, чеченцев и ингушей, что подтверждает её тюрко-кавказскую географию.

Есть и вторая, менее распространённая гипотеза. Она связывает фамилию с арабским словом «афлия» — «благополучие», «процветание». В этом случае прозвище Афлия могли дать человеку, который жил в достатке или отличался удачливостью, а затем оно перешло в фамилию. Однако эта версия слабее: прозвища от абстрактных понятий в тюркской и кавказской среде встречаются реже, чем имена.

С точки зрения социального контекста, носители фамилии Афлиева чаще всего относятся к потомкам свободных общинников или военного сословия (например, у осетин), а не к крепостным крестьянам. Фамилии с суффиксом -ев в этом регионе часто закреплялись за теми, кто имел дело с официальной властью — служил в казачестве, вёл торговлю или был старшиной. Встречаемость фамилии в современных базах данных невысока, что говорит о её локальном бытовании в пределах нескольких родовых гнёзд.