Фамилия Афлитунова — редкая, её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы разобраться, смотрим на структуру. Основа «Афлитун» плюс суффикс «-ов» — это стандартная русская модель образования фамилий от прозвищ на «-ун» (сравните: говорун, бегун, крикун). Если убрать начальное «А», остаётся «Флитун», а это прямой шаг к прозвищу.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «флитовать» или «афлитовать». В южнорусских и украинских говорах так говорили о человеке, который суетится, мельтешит, быстро и бестолково двигается. Отсюда «флитун» — непоседа, егоза. Приставка «А-» в начале (Афлитун вместо Флитун) — типичное явление народной этимологии: звук добавляли для удобства произношения в безударной позиции. Таким образом, Афлитунов — это потомок человека с прозвищем Флитун. Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине: единичные носители встречаются в Ростовской области и Краснодарском крае, что подтверждает её локальный, а не общерусский характер.

Существует и вторая, менее вероятная гипотеза. Она выводит фамилию из тюркского корня «афлитун» — искажённого арабского «афлатун», то есть Платон, философ. В этом случае прозвище могли дать книжнику или человеку, которого в шутку называли философом. Однако документальной базы у этой версии почти нет: в тюркских языках форма «Афлитун» почти не встречается, а в русских переписях XVII–XIX веков подобные антропонимы единичны. Поэтому объяснение через прозвище «флитун» — непоседа — и логичнее, и органичнее вписывается в словообразовательные нормы восточнославянских фамилий. Женская форма Афлитунова, соответственно, принадлежит потомкам этого человека по женской линии или является вариантом записи фамилии в документах.