Фамилия Афлетунов — один из тех редких случаев, когда исходное слово не имеет очевидных славянских корней. В её основе лежит тюркское или арабо-тюркское имя Афлетун, которое восходит к арабскому Афлятун (Aflaṭūn) — искажённому имени древнегреческого философа Платона (через арабское посредство). В мусульманском мире, особенно у татар, башкир и народов Средней Азии, имя Афлетун бытовало как книжное, учёное, данное в честь античного мудреца. Встречается оно и в составе сложных имён, например, Афлетун-бай.

Русский суффикс -ов присоединили к тюркскому имени по стандартной модели патронимических фамилий: Афлетун → Афлетунов, то есть «потомок Афлетуна». Фамилия образована не от прозвища или ремесла, а от личного имени родоначальника, что типично для поздних фамилий крещёных татар, башкир или представителей других тюркских народов, вошедших в состав Российской империи. Суффикс -ов указывает на русскую канцелярскую фиксацию фамилии в документах XIX века.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам с компактным проживанием татар и башкир. Встречается она крайне редко, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, родоначальник был заметным человеком в своей деревне или слободе, и его имя закрепилось за одной-двумя семьями. В дореволюционных метрических книгах фамилия могла писаться через «о» — Афлетунов, но встречается и вариант Афлятунов (с «я»), что отражает мягкое произношение в тюркских языках.

Интересная деталь: в отличие от большинства русских фамилий на -ов, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Афлетунов сохраняет связь не с христианским, а с античным и исламским культурным слоем. Носитель этой фамилии — потомок человека, которого нарекли в честь Платона, пусть и через арабское переосмысление. Это редкий случай, когда ономастика выводит нас не в крестьянский быт, а в мир средневековой учёности и межкультурного обмена.