Фамилия Афлеев — один из тех случаев, когда написание обманчиво, а этимология раскрывается не сразу. Внешне она похожа на тюркскую, но при разборе выясняется, что корни у неё, скорее всего, греческие, пришедшие в русский язык через церковную среду.

Наиболее убедительная версия связывает Афлеева с каноническим мужским именем Афалий (или Афалей). Это имя греческого происхождения, означает «беспорочный» и «невинный». В святцах оно встречается редко, но на Руси его знали благодаря почитанию мученика Афалия. Фамилию образовали по стандартной модели: к основе имени Афал- (в произношении звук «л» смягчился, отсюда форма «Афле-») добавили притяжательный суффикс -ев, указывающий на принадлежность: «сын Афалея». Со временем безударное «а» в корне перешло в «о» из-за аканья и закрепилось на письме, хотя в некоторых говорах фамилию произносили как Офлеев.

Вторая гипотеза, менее вероятная, выводит фамилию из арабского имени Афля (в значении «превосходный» или «возвышенный»). Такое имя могло попасть к русским через татарскую или башкирскую среду, где оно трансформировалось в Афлей. Тогда Афлеев — сын человека по имени Афлей. Против этой версии говорит то, что фамилия почти не встречается в традиционных татарских или башкирских родах, а её носители сосредоточены в центральных и южнорусских областях, где сильны православные традиции.

Словообразовательный суффикс -ев, а не -ов, — важная деталь. Он указывает, что основа имени оканчивалась на мягкий согласный или на «й»: Афалей → Афлеев. Если бы имя звучало как Афлай, фамилия писалась бы как Афлаев. Это косвенно подтверждает версию о греческом Афалии, а не об арабском Афлее, где конечный «й» твёрдый.

География фамилии узкая. Афлеевы встречаются в Воронежской, Ростовской областях и в Краснодарском крае — регионах, куда в XVIII–XIX веках активно переселялись крестьяне из центральной России. Сословно это были преимущественно однодворцы или государственные крестьяне, реже — духовенство, поскольку имя Афалий давали при крещении. В дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована.

В дореволюционных метрических книгах фамилию писали двояко: Афлеев и Офлеев, что отражает диалектное произношение. После реформы орфографии 1918 года закрепился вариант с «А».