Фамилия Афлейтонов — редкий случай, когда основа, скорее всего, не русская, а греческая, и попала она в русский язык через церковную среду. В основе лежит греческое слово «афлейтос» (αφλειτος), что значит «неугасимый», «неугасаемый». В православной традиции этот эпитет чаще всего относится к неугасимой лампаде или к неугасимому свету веры. Таким образом, прозвище Афлейт или Афлейтон мог получить человек, связанный с церковью — например, пономарь или свечник, отвечавший за поддержание огня в лампадах, либо же иерей, получивший такое прозвище за свою ревностную службу.

Модель образования здесь не самая частая. Фамилия построена по схеме «греческое слово + русский патронимический суффикс -ов». Но интересен промежуточный этап: от греческого «афлейтос» сначала образовалось прозвище Афлейтон (с русским окончанием -он, как, например, от греческих имён Платон, Мирон). А уже от него пошла фамилия Афлейтонов — буквально «сын Афлейтона». Такой способ — через греческое прозвище на -он — встречается у фамилий семинарского или духовного происхождения, когда будущую фамилию искусственно «облагораживали», переводя на греческий или латынь бытовое прозвище.

Версия о происхождении от немецкого или тюркского корня маловероятна: ни в одном из этих языков нет близкой по звучанию основы со значением, которое могло бы стать прозвищем. Фамилия почти наверняка книжная, не крестьянская. Носители Афлейтоновы, скорее всего, потомки священнослужителей или, реже, выходцев из греческих монастырских подворий, которые обрусели и получили фамилию по своему церковному служению. Встречаемость фамилии крайне низкая, что подтверждает её искусственное, «кабинетное» происхождение, а не массовое бытование в какой-то одной местности.

Стоит обратить внимание на суффикс -онов: он встречается реже привычного -ов, и в данном случае он не отдельная морфема, а часть прозвища, к которой уже приросло родовое окончание. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то в русском языке нет других примеров с основой «афлейт» — это уникальный случай, что делает Афлейтоновых носителями фамилии-гапакса, то есть зафиксированной в единичных вариантах. Социальный контекст тоже необычен: в отличие от большинства русских фамилий, возникших из прозвищ по ремеслу или внешности, эта фамилия родилась не в крестьянской избе, а за монастырской стеной или в стенах духовной семинарии, где греческий язык был языком богослужения и образования.