Фамилия Афлетонов — редкий случай, когда корень слова не сразу поддаётся расшифровке. На первый взгляд, в ней слышится что-то иностранное, но на самом деле перед нами типичная русская патронимическая модель на -ов, образованная от прозвища или имени. Если отбросить суффикс, остаётся основа «Афлетон». Самое правдоподобное объяснение — искажённое или диалектное произношение слова «аплетон» или «оплетон». В русских говорах «оплётка», «оплетать» — слова, связанные с плетением, витьём. Прозвище Оплетон могли дать ловкому, изворотливому человеку или, наоборот, тому, кто занимался плетением корзин, лаптей, верёвок.

Переход «оп» в «аф» — результат аканья (произношения «а» вместо «о» в безударной позиции) и последующего озвончения глухого «п» перед звонким «л»: Оплетон → Аплетон → Афлетон. Такие фонетические сдвиги характерны для южнорусских и некоторых среднерусских говоров. В написании фамилия могла путаться: в документах встречаются варианты Оплетонов и Аплетонов, что подтверждает версию о происхождении от плетения. Вторая версия, менее вероятная, выводит фамилию из тюркских языков. В некоторых тюркских наречиях «афлет» или «афлат» может означать «обильный», «богатый» или быть вариантом имени Афлатун (от греч. «платон» — широкоплечий). Однако славянская основа с суффиксом -ов (а не -оглы, -заде) указывает на то, что фамилия складывалась в русской среде, а не пришла готовой из иноязычной традиции. Скорее всего, носитель фамилии — потомок человека, которого в деревне прозвали за какую-то особенность или ремесло.

Фамилия крайне редкая. В дореволюционных переписях и современных базах она почти не встречается, что говорит о её локальном бытовании. Возможно, она возникла в одной-двух деревнях и не получила широкого распространения из-за малой численности рода или миграций. Сословная принадлежность предков, скорее всего, крестьянская или мещанская: дворянские фамилии с таким корнем в истории не зафиксированы.