Фамилия Афлатонов — редкая и неочевидная по происхождению. Сразу дадим основной ответ: скорее всего, она образована от личного имени или прозвища, восходящего к арабскому (и шире — мусульманскому) имени Афлатун. Это имя, в свою очередь, — арабизированная форма имени древнегреческого философа Платона (через араб. Aflāṭūn). В мусульманской средневековой культуре Платон (Афлатун) почитался как мудрец и философ, поэтому имя было известно и иногда использовалось, хотя и не было массовым.

Как имя Афлатун могло попасть в русскую фамилию? Есть два основных пути. Первый: среди татар, башкир и других тюркских народов, исповедовавших ислам, имя Афлатун изредка встречалось. При переходе в православие или при активных контактах с русским населением (торговля, служба) такое имя могло лечь в основу фамилии по стандартной русской модели — с суффиксом -ов (Афлатонов — «сын Афлатона»). Второй, менее вероятный путь: прозвище Афлатон могли дать грамотному, начитанному человеку, которого в шутку или с уважением сравнивали с античным философом. Однако в крестьянской среде такое прозвище — большая редкость.

Обратим внимание на суффикс. Фамилия образована по самой распространённой русской модели — притяжательное прилагательное с суффиксом -ов. Это указывает на то, что предок носителя фамилии, скорее всего, не принадлежал к высшей аристократии (там часты фамилии на -ский) и не был духовным лицом (там свои традиции). Афлатоновы — это, вероятнее всего, потомки служилых людей, мещан или крестьян, получивших фамилию по отцу.

Географически фамилия тяготеет к регионам с татарским и башкирским населением: Поволжье, Приуралье, отчасти Западная Сибирь. Встречается она крайне редко, в десятках, а не сотнях случаев по всей России. Это не массовая, а штучная фамилия, что подтверждает её происхождение от редкого имени.

Если сравнивать с однокоренными, то можно назвать фамилию Платонов. Она образована от греческого имени Платон напрямую, через православные святцы. Афлатонов — её «восточный» аналог, возникший на стыке культур и религий. Разница в корне (Афлат- вместо Плат-) как раз и указывает на арабское посредничество.

Итог: фамилия Афлатонов — это редкий случай, когда в основе лежит не славянское, не тюркское, а античное имя, прошедшее через арабскую и татарскую культуру. Предок носителя, скорее всего, был выходцем из мусульманской среды (татарин, башкир), носившим имя Афлатун, либо получил прозвище за учёность.