Фамилия Афлитонова — редкая и не сразу поддающаяся разбору. Её форма указывает на женский вариант, а мужская основа — Афлитонов. Словообразовательная модель стандартна: суффикс -ов, который чаще всего в русских фамилиях обозначал принадлежность («чей?» — сын Афлитона). Но само имя или прозвище Афлитон — большая редкость.

Скорее всего, перед нами не славянская, а греческая или тюркская основа, которая попала в русскую среду через церковные или бытовые контакты. Наиболее правдоподобная версия: фамилия восходит к греческому имени Афлитос (Άφλιτος). В греческой ономастике это имя встречается в византийский период, его связывают со словом «афлитос» (ἄφλιτος) — «непокрытый», «открытый» или «незапятнанный». В церковных святцах такого имени нет, но в народной среде греческие имена нередко адаптировались через просторечные формы.

Другая, менее вероятная версия — связь с тюркским корнем «афлит» (искажённое «афлет» — бедствие, напасть), но эта гипотеза слаба: фамилии с таким значением в русской среде почти не встречаются, и суффикс -ов для тюркских заимствований нетипичен.

Географически фамилия Афлитонова крайне редка. По данным современных телефонных справочников и баз ЗАГС, она встречается единично, преимущественно на юге России и в Поволжье, где исторически были сильны греческие диаспоры и переселенцы из Причерноморья. Возможно, предок носителя был выходцем из греческой общины, получившим фамилию от имени или прозвища, которое потом русифицировали.

Социальный контекст: если фамилия действительно от греческого имени, её носители могли быть связаны с духовенством или торговлей — именно в этих слоях греческие имена проникали в русский быт. Но однозначно утверждать это без документальных подтверждений нельзя. Фамилия Афлитонова — пример того, как редкое иноземное имя, пройдя через русскую суффиксальную обработку, стало звучать как местное.