Фамилия Афлитонова редка и не сразу поддаётся разбору. Её форма — женский вариант, мужская основа — Афлитонов. Модель образования стандартна: суффикс -ов, который в русских фамилиях чаще всего обозначал принадлежность («чей?» — сын Афлитона). Но само имя или прозвище Афлитон — большая редкость, и здесь скрыта главная загадка.

Скорее всего, перед нами не славянская, а греческая основа, попавшая в русскую среду через церковные или бытовые контакты. Наиболее правдоподобная версия: фамилия восходит к греческому имени Афлитос (Άφλιτος). В византийской ономастике его связывают со словом «афлитос» (ἄφλιτος) — «непокрытый», «открытый» или «незапятнанный». В церковных святцах такого имени нет, но в народной среде греческие имена нередко адаптировались через просторечные формы, а затем обрастали русским суффиксом. Именно суффикс -ов, а не, скажем, -иди, выдает русификацию: греческое имя перестало быть иностранным и стало восприниматься как обычная фамилия.

Другая версия — связь с тюркским корнем «афлит» (искажённое «афлет» — бедствие, напасть) — слаба. Фамилии с таким значением в русской среде почти не встречаются, и суффикс -ов для тюркских заимствований нетипичен: тюркские фамилии чаще оформлялись через -ев или вовсе без суффикса. Поэтому греческая гипотеза выглядит убедительнее.

Географически фамилия Афлитонова крайне редка. По данным современных телефонных справочников и баз ЗАГС, она встречается единично, преимущественно на юге России и в Поволжье — там, где исторически были сильны греческие диаспоры и переселенцы из Причерноморья. Возможно, предок носителя был выходцем из греческой общины, получившим фамилию от имени или прозвища, которое потом русифицировали. Социальный контекст: если фамилия действительно от греческого имени, её носители могли быть связаны с духовенством или торговлей — именно в этих слоях греческие имена проникали в русский быт. Но однозначно утверждать это без документальных подтверждений нельзя.

Фамилия Афлитонова — пример того, как редкое иноземное имя, пройдя через русскую суффиксальную обработку, стало звучать как местное. Её разбор упирается в единичные случаи адаптации греческих имён, что и делает её интересной для этимолога.