Фамилия Афлетунова — редкая и по звучанию необычная для русского уха. В её основе, скорее всего, лежит не славянский корень, а заимствованное имя или прозвище. Наиболее правдоподобная версия связывает её с арабским именем Афлятун (вариант произношения имени Платон в мусульманской традиции). В таком случае фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Афлетун- добавили суффикс принадлежности -ов, а женская форма получила окончание -а. То есть Афлетунова — это буквально «жена или дочь Афлетуна».

Мужская форма, Афлетунов, могла возникнуть в среде татарского или башкирского дворянства, а также среди крещёных инородцев, где библейские и античные имена часто адаптировались через восточное посредничество. Имя Афлятун (Афлетун) фиксируется в тюркских именословах, и его носители могли быть людьми духовного звания или купцами, так как такие имена нередко давали в знак учёности, намекая на античного философа Платона.

Есть и менее вероятная, но допустимая версия: фамилия могла возникнуть от прозвища, данного человеку за необычную речь, манеру поведения или внешность, которую окружающие связывали с образом «афлетуна» — так в некоторых говорах могли искажённо называть чужеземца или странника. Однако письменных подтверждений такого прозвища в русских диалектах нет, поэтому основную гипотезу стоит считать арабо-тюркской.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где исторически смешивались русское и тюркское население. Встречается она крайне редко, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы носите эту фамилию, велика вероятность, что ваши предки были выходцами из татарских или башкирских родов, принявших православие, либо из среды служилых людей, получивших фамилию по имени отца.