Фамилия Афлетунова — редкая и по звучанию необычная для русского уха. Её происхождение напрямую связано с арабо-тюркским миром, и ключ к разгадке лежит в имени Афлятун (Афлетун) — так в мусульманской традиции адаптировали имя античного философа Платона. Фамилию образовали по стандартной русской модели: к основе Афлетун- добавили суффикс принадлежности -ов, а женская форма получила окончание -а. То есть Афлетунова — буквально «жена или дочь Афлетуна».

Мужская форма, Афлетунов, могла возникнуть в среде татарского или башкирского дворянства, а также среди крещёных инородцев. Имя Афлятун фиксируется в тюркских именословах, и его носителями нередко становились люди духовного звания или купцы — такое имя давали в знак учёности, намекая на античного философа. В этом смысле фамилия Афлетуновых стоит в одном ряду с однокоренными, но более известными Платоновыми, только с восточным «акцентом».

Менее вероятная версия связывает фамилию с прозвищем: в некоторых говорах «афлетуном» могли искажённо называть чужеземца или странника за необычную речь или манеры. Однако письменных подтверждений такого прозвища в русских диалектах нет, поэтому основную гипотезу стоит считать арабо-тюркской.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где исторически смешивались русское и тюркское население. Встречается она крайне редко, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы носите эту фамилию, велика вероятность, что ваши предки были выходцами из татарских или башкирских родов, принявших православие, либо из среды служилых людей, получивших фамилию по имени отца.