Фамилия Афлатанова — редкий случай, когда основа почти наверняка указывает на конкретный этнографический источник, а не на прозвище или профессию. В её центре лежит имя Афлатун — арабская передача имени древнегреческого философа Платона (через арабо-персидское посредничество). В мусульманском мире Афлатун стало личным именем, которое давали в честь учёности и мудрости, а не в прямом религиозном контексте. Так что предок носительницы этой фамилии, скорее всего, звался Афлатуном.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: к основе Афлатан- (фонетический вариант имени, где конечный «у» перешёл в «а» под влиянием русского произношения или местного диалекта) прибавлен суффикс -ов-, а затем фамилия оформлена в женском роде окончанием -а. Суффикс -ов- — самый распространённый в русских фамилиях, он указывает на принадлежность: «сын (или дочь) Афлатана». Мужской вариант — Афлатанов.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически сильны тюрко-мусульманские и кавказские традиции: Татарстан, Башкортостан, Азербайджан, а также некоторые районы Дагестана. Встречается она и у крымских татар. Именно в этих культурах имя Афлатун было в ходу, хоть и не повсеместно, а скорее как книжное, «учёное» имя. Фамилия могла закрепиться за потомками мулл, учителей или просто грамотных людей, которым дали такое имя при рождении.

Любопытная деталь: в отличие от многих фамилий, образованных от имён пророков или халифов, Афлатанова отсылает не к религиозной, а к античной философской традиции, адаптированной исламской культурой. В средневековой арабо-мусульманской мысли Платон (Афлатун) почитался как один из величайших мудрецов, и имя это несло оттенок интеллектуального престижа. Поэтому, если искать социальный контекст, предки Афлатановых с большей вероятностью были людьми книжной учёности, нежели, скажем, ремесленниками или воинами.

Однокоренных фамилий немного, и все они — варианты того же корня: Афлатунов, Аплатонов (с упрощением в начале), а также, возможно, Платонов — но последнее уже чисто русская фамилия от греческого Платон через церковное имя, и связь с Афлатановой здесь только смысловая, не родственная.