Фамилия Афляхунов — яркий пример того, как русская языковая среда переработала имя, пришедшее из тюркского или арабо-мусульманского мира. В её основе лежит мужское личное имя Афляхун. Само имя, скорее всего, восходит к арабскому «афлах» — «преуспевающий», «удачливый» (форма превосходной степени от «фалах» — успех, благополучие). Русский суффикс -ов добавили по стандартной модели, когда фамилию образовывали от имени отца: «чей сын?» — Афляхунов, то есть сын Афляхуна.

Это типичная патронимическая фамилия, характерная для татар, башкир и других народов Поволжья, принявших ислам. В татарской и башкирской ономастике имя Афляхун встречается, хоть и не так часто, как, скажем, Ахмет или Марат. Важная деталь: ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог — Афляхуно́в, что свойственно многим тюркским фамилиям, русифицированным через суффикс -ов.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: корень Афлях- (усечённое имя) + суффикс -ун (тюркский уменьшительно-ласкательный или просто именной аффикс) + русский фамильный суффикс -ов. Двойная «национальная» природа суффиксов — редкий случай, когда в одной фамилии видны сразу два культурных слоя: тюркское ласкательное окончание имени и русский патроним.

Фамилия не имеет отношения к дворянству или какому-то конкретному сословию. Её носители — потомки крестьян, ремесленников или торговцев из татарских или башкирских деревень. В метрических книгах XIX — начала XX века Афляхуновы встречаются в основном на территории современных Татарстана, Башкортостана, а также в Оренбургской и Челябинской областях. География бытования — южный Урал и Закамье.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Афляхунов стоит в одном ряду с Афлятуновыми (от имени Афлятун, араб. «платон» или «совершенный») и Ахлямовыми. Разница в корнях небольшая, но смысловая: «афлах» — про успех и удачу, а не про мудрость или величие. Это делает фамилию «счастливой» по своему первоначальному значению.