Фамилия Алаяков — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с цветом, но не напрямую, а через тюркское заимствование. Корень здесь — «алай» или «алый». Первое, что приходит в голову: прилагательное «алый» (ярко-красный). Однако в русских фамилиях на -яков обычно не образуют напрямую от прилагательных — скорее от прозвищ или имён, где этот корень уже присутствовал. Тут работает тюркская модель: слово «ала» в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) означает «пёстрый», «рябой», «светло-гнедой» (о масти лошади). Прозвище Алай или Алайка могли дать человеку с пёстрой, рябой внешностью (веснушки, седина в бороде) или владельцу лошади необычной масти. Суффикс -яков — фонетический вариант -яков/ -еков, характерный для русских фамилий тюркского происхождения: он присоединялся к основе на -яй/-ай (сравните: Баяков от Бай, Маяков от Май). Таким образом, Алаяков буквально — «сын Алая» или «потомок того, кого звали Алаем».

Географически фамилия тяготеет к регионам, где русское население веками соседствовало с тюркским: Поволжье (особенно бывшая Казанская и Симбирская губернии), Приуралье, отчасти юг Сибири. В дореволюционных метрических книгах Алаяковы встречаются среди крестьян и мещан — никакого дворянского или духовного следа нет. Это «низовая» фамилия, образовавшаяся в крестьянской среде, где прозвища цеплялись намертво и передавались детям уже как родовое имя.

Любопытная деталь: в некоторых говорах «алай» могло быть искажением слова «олой» (пиво, брага) или диалектного «алай» (суматоха, беспорядок). Но эти версии слабее: фамилий от «олой» в русском ономастиконе почти нет, а прозвище «Суматоха» дало бы скорее Алайкин или Алайков, но не Алаяков. Основная версия — цветная или мастная — остаётся самой убедительной.

Сравните с однокоренными: Алёшин (от Алёша, а не от цвета), Алаев (прямая фамилия от «алый»), Алалыкин (от тюркского «алалык» — пёстрота). Алаяков стоит в том же ряду, но с редким суффиксом, который выдаёт именно прозвищное, неканоническое происхождение. Носитель фамилии может с равной вероятностью оказаться потомком рябого крестьянина из-под Казани или человека, державшего пёструю лошадь.