Фамилия Алажинов — редкий случай, когда основа не бросается в глаза и не лежит на поверхности. Если отбросить типичный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»), остаётся корень Алажин-. В нём слышится отсылка к тюркскому или кавказскому миру. Скорее всего, в основе лежит имя или прозвище Алажа, Алажи или Алажан. В тюркских языках «ала» может означать «пёстрый», «рябой» или «пятнистый», а в переносном смысле — «непостоянный», «хитрый». Прозвище Алажа могли дать человеку с приметной внешностью (веснушки, шрамы) или с непростым характером.

Вторая версия, менее вероятная, — что фамилия образована от этнонима «алажин» как названия одного из малочисленных родов или племён. В таком случае Алажинов — это «выходец из рода Алажинов». Подобные случаи встречаются у башкир, татар или народов Дагестана, где фамилии на -ов нередко калькируют родовые имена.

Географически фамилия Алажинов тяготеет к южным регионам России и Поволжью. Встречается она крайне редко, поэтому говорить о массовом расселении или известных исторических носителях не приходится. По модели образования она типична для русской фамильной системы XIX века, когда иноязычные имена и прозвища «обрусевали» с помощью суффикса -ов. Предки современного Алажинова могли быть крестьянами или казаками, воспринявшими фамилию по отцу или деду, которого в округе знали как Алажу.