Фамилия Алажинов — редкий случай, когда основа не лежит на поверхности. Отбросьте типичный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»), и останется корень Алажин-. В нём слышна отсылка к тюркскому или кавказскому миру. Скорее всего, в основе лежит имя или прозвище Алажа, Алажи или Алажан. В тюркских языках «ала» означает «пёстрый», «рябой» или «пятнистый», а в переносном смысле — «непостоянный», «хитрый». Прозвище Алажа могли дать человеку с приметной внешностью — веснушками, шрамами — или с непростым характером.

Вторая версия, менее вероятная, — что фамилия образована от этнонима «алажин» как названия одного из малочисленных родов или племён. Тогда Алажинов — «выходец из рода Алажинов». Подобные случаи встречаются у башкир, татар или народов Дагестана, где фамилии на -ов нередко калькируют родовые имена. Географически фамилия тяготеет к южным регионам России и Поволжью, но встречается крайне редко, поэтому говорить о массовом расселении или известных исторических носителях не приходится.

По модели образования фамилия типична для русской фамильной системы XIX века, когда иноязычные имена и прозвища «обрусевали» с помощью суффикса -ов. Предки современного Алажинова могли быть крестьянами или казаками, получившими фамилию по отцу или деду, которого в округе знали как Алажу.