Фамилия Алдакишкин — редкий пример, где суффикс и основа вступают в лёгкое противоречие, указывая на разные эпохи формирования. С одной стороны, суффикс -ин однозначно говорит о принадлежности: Алдакишка — чей-то сын или человек из семьи Алдакишки. С другой, сама основа «Алдакишк-» несёт в себе уменьшительно-уничижительный суффикс -ишк-, который в русских фамилиях встречается нечасто и почти всегда указывает на прозвище, а не на крестильное имя.

Самая вероятная версия происхождения — от тюркского имени или прозвища Алдак. В татарском и башкирском языках слово «алдак» означает «обманщик, хитрец» или, в более мягком варианте, «ловкач». Такие прозвища в XV–XVII веках давали не столько с осуждением, сколько с оценкой характера — хитрый, изворотливый, умеющий выпутаться из любой передряги. К основе Алдак добавили русский уменьшительный суффикс -ишк- (как в словах «сынишка», «парнишка»), и получилось Алдакишка — «маленький Алдак» или «Алдак-сын». А затем уже стандартное оформление по отчеству: Алдакишкин.

Географически фамилия почти наверняка происходит из зоны русско-тюркского пограничья — Поволжья, Приуралья или южных уездов России, где татарские и башкирские имена легко входили в русскую среду через крещение или смешанные браки. Встречаемость фамилии крайне низкая, она не фиксируется в крупных справочниках и словарях русских фамилий (например, у Унбегауна или Никонова), что говорит о её локальном бытовании, возможно, в одной или двух соседних деревнях.

Менее правдоподобная, но допустимая версия — от календарного имени. В святцах нет имени Алдак, но в народной переделке так могли сократить редкое греческое имя, например, Алексий или Александр, с добавлением местного диалектного суффикса. Однако тюркская основа выглядит убедительнее: она объясняет и смысл прозвища, и характерную для тех мест модель словообразования.

Таким образом, предок носителя фамилии Алдакишкин — скорее всего, русский крестьянин или служилый человек, получивший в быту прозвище «Алдакишка» за хитрость или сметливость, а его дети уже записались по отцу с окончанием -ин. Фамилия сохранила редкую уменьшительную форму, которая сегодня звучит архаично, но именно она и делает её узнаваемой.