Фамилия Алдохины — одна из тех, где за привычным звучанием скрывается книжное, церковное имя, прошедшее через народную переделку. В основе лежит каноническое имя Евдоким (в переводе с греческого — «славный, окруженный почетом»). В бытовой речи имя сократили и адаптировали: от Евдокима через промежуточные формы вроде Авдохима получилось просторечное Алдоха.

От этого имени-прозвища и пошла фамилия. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Алдохин, то есть потомок Алдохи. Модель образования типична для русских фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей, где имя отца или главы семьи часто закреплялось за всем родом.

Интересно, что имя Евдоким в народе давало целый веер производных форм: от Алдохи до Окима, Докима и даже Наума. Фамилия Алдохин закрепила один из самых распространенных вариантов, особенно в южнорусских и центральных областях. Поскольку имя было крестильным, фамилия не несет сословной окраски — её могли носить и крестьяне, и мещане, и духовенство. Точное время возникновения фамилии определить сложно: процесс шел несколько столетий, но наиболее активно фамилии на -ин формировались в XV–XVII веках.