Фамилия Алдохина образована от имени Алдоха — народной, обиходной формы сразу двух церковных имён: мужского Евдоким (в переводе с греческого «славный, окружённый почётом») и женского Евдокия («благоволение»). Обе версии возможны, но первая убедительнее: в русской ономастике фамилии чаще образовывали от мужских имён-основ, даже если прозвище по форме совпадало с женским. Алдоха — результат типичного для разговорной речи сокращения: от Евдоким отсекли начальное «Ев-» и добавили суффикс -ох(а), который придавал имени оттенок ласкательности или фамильярности. Такой же путь прошли имена, давшие фамилии Тимоха (от Тимофей), Михей (от Михаил) и Манюха (от Мануил).

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: буквально «чьих будете?» — «Алдохины», то есть дети, потомки или люди из семьи Алдохи. Это одна из самых распространённых моделей русских фамилий в центре и на севере страны, в отличие от южнорусского варианта с суффиксом -енко.

Фамилия нечастая, но устойчиво встречается в Поволжье (Нижегородская, Кировская области) и в некоторых районах Сибири, куда переселенцы принесли её в XVII–XVIII веках. Встречаются варианты написания с одной «л» (Алдохин), но это скорее орфографическая небрежность, чем отдельная фамильная ветвь. Сословных ограничений у фамилии не было: Алдохиными могли быть и крестьяне, и мещане, и купцы — имя Евдоким в святцах почиталось, и его носили люди разного достатка.