Фамилия Алексеенцев — один из тех случаев, когда на слух она звучит как типичная «русская», а при разборе выясняется, что её корни крепко уходят на юг, в украинскую и белорусскую традицию именования. Если убрать суффиксы, в основе лежит крестильное имя Алексей (от греческого «защитник»), но вот как именно из него сделали фамилию — здесь кроется главная особенность.

Словообразовательная цепочка выглядит так: имя Алексей → патроним (отчество) Алексеенко (в украинском варианте «сын Алексея») → притяжательная форма Алексеенцев. Ключевой элемент — суффикс -енк-, который на востоке Украины и в южных областях России был главным способом образовать «сына» или «потомка». Затем, когда носитель прозвища Алексеенко (или Алексеенок) переселялся в великорусские губернии, местные писаря и священники «обрусевали» фамилию, добавляя стандартный русский суффикс принадлежности -ев. Получилась двойная конструкция: сначала украинский указатель на происхождение, потом русский — на принадлежность роду. Другими словами, фамилия буквально означает «потомок того, кто был сыном Алексея».

В этимологическом словаре русских фамилий Б. О. Унбегауна такая модель описывается как типичная для «гибридных» фамилий, возникших на стыке двух культур. Более редкий, но возможный вариант: фамилия могла образоваться напрямую от прозвища Алексеенец (житель села, названного в честь Алексея, или выходец из рода Алексеевых). Однако версия с отчеством Алексеенко надёжнее, поскольку она объясняет характерный суффикс, который редко встречается в чисто «московских» фамилиях.

Географически фамилия Алексеенцев тяготеет к Курской, Белгородской, Воронежской областям и к востоку Украины. В XIX веке её носители были преимущественно крестьянами и однодворцами — потомками служилых людей, охранявших южные рубежи. В отличие от фамилии Алексеев, которая могла принадлежать и дворянину, и духовенству, Алексеенцев почти всегда указывала на простое сословие, где имя Алексей было одним из самых распространённых.