Фамилия Алексеенко — типичный пример украинской модели образования фамилий на -енко. В буквальном смысле она означает «сын Алексея»: суффикс -енко в украинской ономастике выполнял ту же роль, что русские -ов/-ев или -ин, указывая на прямое родство по отцу. Основа здесь — крестильное имя Алексей (церковная форма — Алексий), которое пришло из греческого языка и означает «защитник», «заступник», «оберегающий».

Среди небесных покровителей этого имени — Алексий, человек Божий, день памяти которого приходится на 30 марта. Согласно житию, он был богатым римлянином V века, ещё в юности решившим посвятить себя Богу. Эта история хорошо известна в православной традиции и могла влиять на популярность имени в народе.

Фамилия Алексеенко бытовала преимущественно на территории современной Украины и в южных областях России, куда переселялись украинские казаки и крестьяне. Однако её носители не всегда принадлежали к простому сословию. В истории России известно несколько дворянских родов Алексеенко, внесённых в родословные книги во второй половине XIX века. Это значит, что основатель такого рода мог быть представителем высшего сословия, а фамилия фиксировала его происхождение по отцу.

Среди реальных носителей фамилии — Михаил Мартынович Алексеенко (1847—?), профессор финансового права, сын купца из Екатеринославля. Другой известный представитель — Александр Минович Алексеенко (1924—1945), старший сержант Красной Армии, командир пулемётного расчёта в годы Великой Отечественной войны, удостоенный звания Героя Советского Союза.

Если сравнивать Алексеенко с однокоренными фамилиями, видна разница в географии и социальном контексте. Русские Алексеев и Алексеевский чаще встречаются в центральных и северных губерниях, а украинское Алексеенко — на юге и юго-востоке. Встречаются и редкие варианты написания: Алексеенков (русифицированная форма) или Алексеенко-Жуков (двойные фамилии у дворян). Но основная, исторически сложившаяся форма — именно Алексеенко, без дополнительных приставок.