Фамилия Алексеенка — одна из тех, что сразу выдают украинское происхождение, и её ценность для этимолога именно в грамматическом казусе, а не в спорах о корне. Суффикс «-енко» в украинской ономастике работает как указатель на родство: «сын Алексея». Если по-русски ответом на вопрос «чей?» будет «Алексеев», то по-украински тот же смысл передаётся через «Алексеенко». Форма «Алексеенка» — это застывший родительный падеж: в бытовой речи говорили «кого?» — Алексеенка, писарь так и записывал в документы, и фамилия осталась в этой падежной форме, не перейдя в именительный.

Основа фамилии — крестильное имя Алексей, которое пришло на Русь из Византии вместе с христианством. Греческое «Алексиос» означает «защитник», «оберегающий». Имя было чрезвычайно популярно: достаточно вспомнить, что второго русского царя из династии Романовых звали Алексеем Михайловичем. Поэтому фамилии «от Алексея» — одни из самых массовых в восточнославянском мире: Алексеев, Алексеенко, Алексеевич, Алексеенков. «Алексеенка» стоит в этом ряду особняком из-за редкой для русского уха грамматической формы — она склонялась, а не застыла в мужском роде, как большинство фамилий на «-енко».

Географически фамилия тяготеет к южным регионам бывшей Российской империи: современные Украина, Белгородская, Воронежская, Ростовская области России. В XIX веке носители фамилии Алексеенка чаще всего были крестьянами или казаками — сословная принадлежность у таких «патронимических» фамилий на «-енко» почти всегда низшая или средняя, дворянство предпочитало формы на «-ов» и «-ский». Интересная деталь: в русских говорах и при переписи фамилию могли записать по-разному. Если человек говорил «я Алексеенка», писарь мог механически записать «Алексеенко» (в именительном падеже). Поэтому в архивах одна семья может фигурировать под двумя вариантами. Но форма «Алексеенка» — более архаичная, она сохранила след старой украинской модели, где фамилия склонялась.

Споров о значении корня нет: имя Алексей — единственная и бесспорная основа. Это случай, когда этимология прозрачна, а уникальность — в грамматическом оформлении. Если вы встретили в документах предка «Алексеенка», а не «Алексеенко», скорее всего, перед вами южнорусская или украинская ветвь, где фамилию не «обрусели», а оставили в той форме, в которой её слышали при опросе.