Фамилия Алексеенка — одна из тех, что сразу выдают украинское происхождение. Дело в суффиксе «-енко», который в украинской ономастике означает «маленький» или «сын». Если по-русски сказать «чей?» — ответ будет «Алексеев», то по-украински тот же смысл передаётся через «Алексеенко»: сын Алексея. Форма «Алексеенка» — это родительный падеж, который в бытовой речи закрепился как фамилия: «кого?» — Алексеенка. В документах и переписи так и писали: «Алексеенка», и фамилия осталась в этой застывшей форме.

Основа фамилии — крестильное имя Алексей, которое пришло на Русь из Византии вместе с христианством. Греческое «Алексиос» означает «защитник», «оберегающий». Имя было чрезвычайно популярно: достаточно вспомнить, что второго русского царя из династии Романовых звали Алексеем Михайловичем. Поэтому фамилии «от Алексея» — одни из самых массовых в восточнославянском мире: Алексеев, Алексеенко, Алексеевич, Алексеенков. «Алексеенка» стоит в этом ряду особняком из-за редкой для русского уха грамматической формы.

Географически фамилия тяготеет к южным регионам бывшей Российской империи: современные Украина, Белгородская, Воронежская, Ростовская области России. В XIX веке носители фамилии Алексеенка чаще всего были крестьянами или казаками — сословная принадлежность у таких «патронимических» фамилий на «-енко» почти всегда низшая или средняя, дворянство предпочитало формы на «-ов» и «-ский».

Интересная деталь: в русских говорах и при переписи фамилию могли записать по-разному. Если человек говорил «я Алексеенка», писарь мог механически записать «Алексеенко» (в именительном падеже). Поэтому в архивах одна семья может фигурировать под двумя вариантами. Но форма «Алексеенка» — более архаичная, она сохранила след старой украинской модели, где фамилия склонялась, а не застыла в мужском роде.

Споров о значении корня нет: имя Алексей — единственная и бесспорная основа. Это случай, когда этимология прозрачна, а уникальность — в грамматическом оформлении.