Фамилия Альфанова — женская форма, её мужской вариант — Альфанов. Фамилия редкая, для русского уха звучит необычно, но её происхождение прозрачно при внимательном взгляде на народную традицию переделки церковных имён.

В основе лежит имя Альфан. Это краткая, разговорная форма крестильного имени Евфимий (в просторечии — Ефим). Греческое Εὔφημος (Эуфемос) переводится как «благочестивый», «благоговейный», «добросовестный». В быту длинные имена сокращали: Евфимий превращался в Ефима, а от Ефима через диалектные переделки — с заменой начального «Е» на «А» и упрощением звучания — возникло имя Альфан. Суффикс -ов- указывает на принадлежность: Альфанов буквально означает «сын Альфана» или «из рода Альфана». Тип образования — стандартная патронимическая модель, характерная для русских фамилий.

Есть и вторая, менее вероятная версия, которую приводят некоторые исследователи ономастики. Она связывает фамилию с греческим словом «альфа» (первая буква алфавита). В этом случае Альфановым могли в шутку прозвать первого ребёнка в семье, отличника в учёбе или человека, который был «первым» в каком-то деле. Однако прозвища от названий букв встречаются, но обычно они более прямолинейны — например, Аз или Буки. Версия с именем Евфимий/Ефим остаётся основной и самой правдоподобной, поскольку цепочка фонетических изменений «Ефим — Альфан» хорошо вписывается в живые процессы русской диалектной речи.

Фамилия Альфанов (и Альфанова) — пример того, как церковное имя, пройдя через горнило народного произношения, превратилось в нечто, не имеющее прямых аналогов в современном языке. Носители фамилии могли быть выходцами из крестьянской или мещанской среды центральной России, где подобные замены «Е» на «А» и усечение окончаний были обычным делом. Встретить её можно изредка в Поволжье и на юге России, но массового распространения она не получила.