Фамилия Альфанова — женская форма, а её мужской вариант — Альфанов. Эта фамилия редкая и звучит необычно для русского уха, но её происхождение, скорее всего, связано с крестильным именем, которое пришло на Русь из греческого языка через церковную традицию.

В основе фамилии лежит имя Альфан. Это краткая, народная форма крестильного имени Евфимий (в просторечии — Ефим). В греческом языке Εὔφημος (Эуфемос) означает «благочестивый», «благоговейный», «добросовестный». В русской бытовой традиции длинные имена часто сокращали: Евфимий превращался в Ефима, а от Ефима через диалектные переделки (с заменой начального «Е» на «А» и упрощением) могло возникнуть имя Альфан. Суффикс -ов- указывает на принадлежность: Альфанов буквально означает «сын Альфана» или «из рода Альфана».

Есть и вторая, менее вероятная версия, которую приводят некоторые исследователи ономастики. Она связывает фамилию с греческим словом «альфа» (первая буква алфавита). В этом случае Альфановым могли в шутку прозвать первого ребёнка в семье, отличника в учёбе или просто человека, который был «первым» в каком-то деле. Однако эта версия выглядит натянутой: прозвища от названий букв встречаются, но обычно они более прямолинейны (например, Аз, Буки). Версия с именем Евфимий/Ефим остаётся основной и самой правдоподобной.

Фамилия Альфанов, а значит и Альфанова, — пример того, как церковное имя, пройдя через горнило народного произношения, превратилось в нечто, не имеющее прямых аналогов в современном языке. Носители фамилии могли быть выходцами из крестьянской или мещанской среды центральной России, где подобные фонетические изменения (замена Е на А, усечение окончаний) были в порядке вещей. Встретить её можно изредка в Поволжье и на юге России, но массового распространения она не получила.