Фамилия Алфеевский — редкий пример фамилии, образованной от церковного имени напрямую, минуя промежуточное прозвище или профессию. В основе лежит каноническое имя Алфей (греч. Alphaios), восходящее к древнееврейскому «халфай» — «смена, замена». В Новом Завете это имя носят отец апостола Матфея и отец апостола Иакова Алфеева, так что имя имеет прямую библейскую отсылку.

Суффикс -ск- указывает на то, что фамилия сформировалась в среде духовенства или дворянства. В отличие от крестьянских фамилий на -ов/-ев, которые означали «сын такого-то», фамилии на -ский в XVIII–XIX веках часто давали выпускникам семинарий и академий. Семинаристам меняли фамилии по церковным праздникам, названиям храмов или по имени святого, и Алфеевский — типичный пример такой «искусственной» фамилии: её могли присвоить ученику в честь апостола Иакова Алфеева или просто как облагороженную форму от имени Алфей.

Интересная деталь: в русских говорах существовала и народная форма Алфеев (отчество от Алфей), но фамилия Алфеевский встречается намного реже и почти всегда — в среде потомков духовенства. Встречается она в основном в центральных губерниях России и в Сибири, куда ссылали или переводили священников. Если ваши предки носили эту фамилию, с высокой вероятностью они были из церковной среды — священниками, дьяконами или псаломщиками.

Ошибочно связывать фамилию с греческим словом «алфея» (целебная трава, алтей) — это ложная этимология. Связь с библейским именем прямая и не требует дополнительных трактовок. Вариант написания с одной «ф» (Алфеевский) — норма для русского языка, двойная «ф» (Алффеевский) встречается в дореволюционных метриках как следствие греческого написания.