Фамилия Алфеева — на первый взгляд, простая и ясная, но за ней скрывается неожиданная цепочка превращений. Она образована от имени Алфей, которое, в свою очередь, является народной, упрощённой формой старинного крестильного имени Елеферий. В русской разговорной речи имя Елеферий, с его непривычным звучанием, со временем трансформировалось: начальное «Е» перешло в «А», а мягкое «л» отвердело. Так из Елеферия родились варианты Олфей и Алфей.

Исходное имя Елеферий — греческого происхождения, оно означает «свободный» (от ἐλεύθερος — свободный, независимый). Это имя входило в святцы и было распространено в среде духовенства и простых крестьян, хотя и не так часто, как, скажем, Иван или Пётр. Фамилия Алфеева — типичная для русского ономастикона «патронимическая» форма, то есть образованная от имени отца. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «Алфеева» — «дочь (или жена) Алфея», а в основе фамилии лежит притяжательное прилагательное «Алфеев сын».

Среди известных носителей фамилии — Валентина Анатольевна Алфеева, писатель и публицист, автор книг о духовных поисках и православной культуре, а также Григорий Валерьевич Алфеев, принявший монашество с именем Илларион. Он — богослов, патролог и церковный композитор. Таким образом, фамилия Алфеева, начавшись с греческого слова «свобода», прошла через русскую языковую обработку и сохранила в себе память о предке, носившем редкое имя Елеферий.