Фамилия Алферьева образована от крестильного имени Алферий — просторечной формы мужского имени Елевферий. В переводе с греческого Ελευθέριος (Элефтериос) это имя означает «свободный». На Руси имя Елевферий прижилось в нескольких народных вариантах: Алфер, Олфер и Алферий — именно эта форма и легла в основу фамилии.

Святой покровитель имени — Елевферий Иллирийский, живший во II веке. Согласно житию, он был сыном знатного римлянина, воспитывался в христианской вере и уже в двадцать лет стал епископом. За проповедь христианства при императоре Адриане он принял мученическую смерть. В народном календаре день памяти святого Елевферия (17 августа по старому стилю) называли Алфериевым днём — крестьяне в этот день начинали сев озимых.

Фамилия построена по простой и распространённой модели: к основе Алферьев- добавлен суффикс -а, типичный для женской формы фамилии. Мужской вариант — Алферьев. Оба варианта фиксируются в документах с XVII века, преимущественно в центральных и северных губерниях России. Встречаются также однокоренные фамилии: Алферов, Алферовский, Олферьев.

Вероятнее всего, основатель рода Алферьевых не принадлежал к знати. Фамилии на -ев от полных форм имени (а не от уменьшительных) в XVII–XVIII веках чаще получали выходцы из крестьянской, ремесленной или посадской среды — в отличие от дворянских родов, где нередко использовали церковную форму имени. Так что Алферьевы, скорее всего, потомки крестьян или горожан, носивших имя Алферий.