Фамилия Алферьев ведет свою родословную от имени Алферий — народной, производной формы канонического имени Елевферий. В переводе с греческого языка это имя означает «свободный». Таким образом, Алферьев — это буквально «потомок Алферия», то есть человека, которого в быту называли сокращенным, «домашним» вариантом полного церковного имени.

Словообразовательная модель здесь проста и типична для русских фамилий: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?» — Алферьев). Основа — Алферий, которая, в свою очередь, возникла в результате усечения и упрощения длинного и сложного для произношения имени Елевферий. Такие «народные» переработки греческих имен — частое явление в русской ономастике: церковная форма казалась тяжелой, и её адаптировали к живой речи, отбрасывая начальные слоги или заменяя звуки.

Интересно, что фамилия Алферьев может иметь и другую, хотя и менее распространенную, версию происхождения. В некоторых говорах «алфер» или «алфера» — прозвище, связанное с тем же корнем, но уже не с именем, а с понятием «вольный, своенравный человек». В таком случае фамилия могла закрепиться не за сыном Алферия, а за человеком, получившим прозвище за свой независимый нрав. Однако первая версия — от крестильного имени — считается основной и наиболее правдоподобной, так как модель «имя + -ев» была массовым способом образования фамилий в среде крестьян и служилых людей в XV–XVII веках.

Несмотря на редкость, фамилия имеет устойчивую форму. Ударение в ней традиционно падает на второй слог: Алфе́рьев. Встречаются варианты написания с одной буквой «ф» — Алериев или Алферов, но исторически верным считается именно двойное «ф» и окончание -ев, а не -ов, так как основа имени заканчивается на мягкий согласный.