Фамилия Алференко — типичный пример того, как на юге и востоке Украины формировались фамилии на -енко, означающие «сын» или «потомок». В основе лежит мужское имя Алфер. Это не самостоятельное каноническое имя, а народная, упрощённая форма греческого имени Елевферий, которое переводится как «свободный». Подобное стяжение — обычное дело для живой речи: полное имя было длинным и неудобным в быту, поэтому его сократили до короткого и звучного Алфер.

Церковная история имени насыщенна. Его носили несколько раннехристианских святых: священномученик Елевферий иерей (память 24 апреля), мученик Елевферий диакон (16 октября), а также святой священномученик Елевферий (28 декабря). На Руси, несмотря на греческое происхождение, имя прижилось именно в народных вариантах — Алфер, Олфер, Лфер. От них и пошли фамилии: Алферов, Алферьев, Алференко, а также Олферов.

Суффикс -енко в фамилии Алференко — характерный признак украинской ономастики, особенно распространённый в Поднепровье и Слобожанщине. Он выполнял роль отчества: Алференко буквально понималось как «сын Алфера». Позже, когда фамилии закрепились, это значение стёрлось, и форма стала наследственным родовым именем.

В русских говорах встречается и вариант написания через «о» — Олференко, что отражает акающее произношение. Однако в официальных документах чаще закреплялась форма с «а». Если ваша фамилия пишется именно так, ваш предок, скорее всего, был выходцем с территории современной Украины, где имя Алфер бытовало как полноценное крестильное имя, а не только как прозвище.